1.关闭正在运行的MySQL
2.启动MySQL的安全模式,命令如下:

mysqld --skip-grant-tables

or

mysqld-nd --skip-grant-tables

3.使用root用户[免密码]登陆MySQL

mysql -u root -p

输入密码时,直接回车
4.选择MySQL系统库

use mysql

5.查看当前系统用户root的密码

select user,host,password from user where user="root"

查看的password是经过加密的,若以后想要恢复当前密码可以先运行这条命令备份一下当前的密码
6.修改root用户的密码

update user set password=PASSWORD("your_password") where user="root"

这里是直接修改了root用户在所有登陆位置的密码,若你仅仅只想修改root在某一处的密码,可以在上一条命令中增加一个限定条件host='somewhere'
比如,下面的命令修改了root用户在本机localhost的登陆密码

update user set password=PASSWORD("your_password") where user="root" and host="localhost"

上面的操作是直接对MySQL系统库mysql进行修改,安全性较低,一旦出现误操作,成本高,难恢复,并且仅限于对mysql库有UPDATE权限的用户,MySQL本身为我们提供了一种更加简便的操作方式,在此作一下简单的介绍
修改当前登陆用户的密码,使用SELECT CURRENT_USER();可查看当前登陆用户

SET PASSWORD = PASSWORD('cleartext password');

修改bob用户在%.example.org位置上的登陆密码,注意这里的host地址%.example.org是必须要存在的

SET PASSWORD FOR 'bob'@'%.example.org' = PASSWORD('cleartext password');

当然我们也可以通过GRANT的方式修改密码

GRANT USAGE ON *.* TO 'bob'@'%.example.org' IDENTIFIED BY 'cleartext password';

关于修改密码的详细内容还是请见官方文档(5.6)
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/set-password.html
7.刷新一下系统的权限

flush privileges;

8.关闭MySQL的安全模式,重新启动即可

注:

在第2步,启动安全模式的时候,命令行可能会一直处于挂起状态,此时Ctrl+c也不能终止运行,这时候只要通过netstat -ao查看MySQL端口是否处于监听状态,如是即代表MySQL已经进入了安全模式,出现这种现象是主要因为MySQL不提倡安全模式长时间运行

使用mysql命令连接数据库时可能会出现如下错误:
ERROR 2003 (HY000): Can't connect to MySQL server on 'localhost' (10061)
网上关于此错误的描述有很多,我们知道MySQL的默认端口是3306,当以其他端口启动服务时,使用mysql命令又没有指定对应的端口,当然就无法连接Server啦